磁力滑片泵虽具备无泄漏、耐腐蚀等优势，但在效率、介质适应性、制造成本、功率扬程、温度控制、安装精度、气蚀风险及维护成本等方面存在明显不足，具体如下：
效率较低
磁力传动过程中，磁场传递扭矩时存在能量损失，导致泵的整体效率比普通离心泵低。这增加了能耗，提高了长期运行成本，尤其在需要高效输送的场景中表现明显。
对介质清洁度要求高
磁力滑片泵对输送介质的清洁度极为敏感。介质中若含有杂质、硬质颗粒或磁性物质，易导致磁钢磨损、隔离套划伤，甚至引发内转子卡死或局部退磁。例如，输送含有铁屑的磁性矿浆时，永磁体可能因外来磁性物质干扰而失效。
制造成本较高
磁力滑片泵采用磁性材料（如钕铁硼）及特殊工艺制造的隔离套，导致其制造成本显著高于普通泵。同等流量和扬程参数下，磁力滑片泵的采购价格通常是普通离心泵的2-3倍，增加了初始投资压力。
功率和扬程受限
受磁力传递能力限制，磁力滑片泵的功率和扬程范围较小，难以满足大流量、高扬程的工况需求。例如，在需要输送高粘度介质（如沥青）时，磁力泵可能因磁力衰退导致内外磁转子失步，影响输送效率。
温度限制严格
磁力滑片泵的磁耦合传动部分对温度敏感。高温可能导致永磁体磁性衰退，低温则可能影响材料性能。国内磁力泵一般仅适用于输送100℃以下、1.6Mpa以下的介质，超出此范围需额外配置冷却或加热装置，增加成本。
安装精度要求高
磁力滑片泵的联轴器对中精度要求严格。若对中不当，可能导致进口处轴承损坏、隔离套磨损，甚至引发振动和噪音问题。例如，某食品厂因安装疏忽导致磁传动系统提前磨损，三个月内更换两次轴承。
易发生气蚀现象
输送含有溶解气体的液体时，磁力滑片泵易发生气蚀。气蚀会降低泵的性能，加速内部零件损坏，缩短设备寿命。例如，某啤酒厂输送发酵液的磁力泵因气蚀导致叶轮表面孔洞密布，实际寿命远低于设计值。
维护成本较高
磁力滑片泵的维修难度大，时间成本高。拆卸隔离套和内外磁转子需专业工具和技术，检修时间可能是普通离心泵的数倍。遇到紧急故障时，可能导致生产线长时间停工，增加间接损失。